日本のパスポート保持者ですが、カナダに長く住んでいます。全国版のJRパスが利用できるように、地域パスも利用することができますか？

いいえ、「日本のパスポート保持者または日本居住者は地域パスを利用できません。

地域パスは、海外から観光目的で日本を訪れる外国人旅行者が「短期滞在」の入国資格がある場合のみ利用可能となります。